Это предупреждение выводится для того, чтобы предупредить о возможной ситуации с неупорядоченной нумерацией позиций в документе.

Настройки нумерации позиций можно изменить через параметры документа (в окне с параметрами в разделе Прочее) или настройки нумерации на панели инструментов программы на вкладке Операции, кнопка Перенумеровать позиции.